明治二年以来、事実上の日本の首都が置かれている都市、地域である。現在、この地域を管轄している行政主体は東京都という地方公共団体であるが、多摩地方や伊豆諸島・小笠原諸島までの広大な海域・島嶼も含まれる東京都の行政区分と、一般的な都市名としての「東京」が指し示す範囲には乖離があるため、「東京」の定義は曖昧なものとなっており、用例によっていくつかの区分が存在する。
東京（「とうきょう」、古くは「とうけい」とも読んだり「東亰」とも表記した）の名は、明治元年（慶応4年）七月（1868年9月）に出された江戸ヲ称シテ東京ト為スノ詔書により、江戸の町奉行支配地域を管轄する東京府が設置されたことに始まる。
京都から見て東の京（みやこ）の意である。明治中期頃までは「東亰」という表記も使われていた。（この亰という文字は、京の俗字）
明治新政府首脳は江戸への遷都を考えていたが、京都の公家らの反発が強かったため、とりあえず「江戸もみやこである」と宣言したといわれている。そして「江戸もみやことなった以上、天皇は江戸（東京）でも政治を行う必要がある」という理屈で天皇の行幸（東京行幸）が計画された。
明治天皇は、明治元年10月（1868年11月）に東京（江戸城改め『東京城』）に入り、その後一度は京都へ戻る。
明治2年3月（1869年5月）に再び東京（この年、『東京城』が『皇城』とされた）入りし、太政官が移された。以後、天皇と政府は京都へ戻ることはなく、事実上の「東京遷都」が果たされたとも言われる（今日にいたるまで「東京遷都」は法令によって明確にされておらず、東京を首都と直接定める法令も存在しないが、関東大震災直後に出された大正天皇の勅語中に「東京ハ帝国ノ首都ニシテ」との文言がある）。