鎖国体制であった江戸時代には、国内唯一の江戸幕府公認の国際貿易港（対オランダ、対中国）・出島を持つ港町であった。このため、出島跡を初めとして、異国情緒に満ちた港町として有名である。歴史的経緯からキリスト教徒の数が比較的多いことでも知られている。又、実戦で使用された核兵器（原子爆弾）としては広島市に次ぐ世界史上2番目の、そして現時点では最後の被爆都市としても知られる。「近隣の核武装国による核攻撃を想定するのは、他国に誤解を与える」との信念の下で、全国自治体の中では唯一、国民保護計画案から、他国より核攻撃想定される事態の想定をあえて削除している（2007年5月11日 市長発言）。なお、長崎県は計画案の中で核攻撃への対処事項を記述している。